在持续的精神恐惧中，6月初，王实味突发书呆子“异想”，宣布退出中共，以为就此可以摆脱一切。但是，王实味又大错特错了，罗迈（中央研究院领导）等十分熟悉毛泽东个性，绝不会允许王实味退党，而是要将其开除出党。他承认或不承认“错误”，更是无关紧要，他的归宿早已由“上级”作了安排，作为一个难得的“坏人”标本，等待他的将是被捕人狱，即使王实味痛哭流悌，收回退党声明，承认自己的言论犯了弥天大罪，跪在中央组织部磕头求饶，也丝毫无济于事。
1942年11月后，王实味已处于隔离状态，失去了人身自由。1943年4月1日，王实味被康生下令逮捕，次日被关押进中社部监狱，从此成了活死人，除了偶而被带出来向来延安的外国或国统区记者发表一番自唾自弃的说辞外，王实味的日常“工作”就是写交待材料，对外说做糊火柴盒工作。
中共文字狱第一位受难者
1947年3月，国民党军进攻延安，王实味被中共中央社会部转押到晋绥公安总局在山西兴县城郊的看守所。同年6月，该看守所附近遭到国民党军飞机轰炸，转移前经向中共中央社会部请示，获部长康生和副部长李克农批准，将王实味秘密处死。
1947年7月1日，中共党庆二十六周年纪念日，王实味被晋绥公安总局审讯科于当夜砍杀碎尸后埋入一眼枯井，时年四十一岁，成为中共文字狱第一位受难者。
中共高层在当时显然以文字狱杀人为耻，毛泽东听说后也曾大怒，后多次在内部讲话中提及撇清，由此将处死王实味一事长期秘而不宣。
直到1978年，与王实味别离四十一年的妻子刘莹才从广播中得知，丈夫早在三十一年前就被作为反革命托派分子处决。作为历史见证人，她断定那是政治诬陷，于次年开始为其申诉奔波。
1991年2月7日，公安部发出《关于王实味同志托派问题的复查决定》宣布：定王实味为“反革命托派奸细分子”的结论予以纠正，在战争环境中被错误处决给予平反昭雪。不过，中共中央并没有改正开除其党籍的决定。
1998年12月，三联书店上海分店出版其作品集《王实味文存》。
悲剧的意义
王实味的悲剧，绝不是他个人的悲剧，乃是整个民族的悲剧，时代的悲剧。他的生死、命运，就是中国知识分子的命运，由他上溯AB团的那些学生娃子，微山湖畔王文彬的冤魂（王文彬，“一二九”运动学生领袖之一、北平市学联常委，抗日战争时期在山东微山湖抗日，在“湖西肃反运动”中被定为“反革命”枪毙），从他之后，胡风份子、右派分子、“文化大革命”中千千万万知识分子的命运，冥冥之中都已注定。那些当年落井下石、打“落水狗”的人们最终都未能逃脱和王实味类似的命运，作家丁玲、诗人艾青等等都在“革命圣地”写下了令后人难堪的人生败笔，在王实味被杀10年后他们几乎无一幸免地成了右派。他们曾极力想划清和王实味的界线，不惜用世上最肮脏、最恶毒的言辞来诅咒、批判王实味，然而这个王实味阴魂不散，10年后仍把他们的命运牢牢地绑在了一起，历史仿佛绕了个圈子，1958年的“再批判”把他们当年的文章重新放在一起发表、一起批判，还是逃脱不了“毒草”、“反党反人民”的罪名。甚至周扬这样的革命文学“班头”也没有逃过十年“文革”的厄运。他们的经历比起王实味实在好不了多少，只是活了下来而已。中国的知识分子常常不懂得生命的意义有时候不在于是否活着，有的人活着，他已经死了。
当年王实味在延安为千夫所指时，人们也许压根就没有想到自己。我们这个民族的最可悲之处就是看见别人的人权遭到践踏，甚至杀害，只要与己无关，总是选择明哲保身，结果是谁也保护不了自己。
往往只有当灾难降临到自己头上时，人们才发现自己成了所有人无情射杀的目标，昔日的同志、朋友，甚至亲人都纷纷站到对面去了。没有左拉的《我控诉》这样慷慨激昂的声音，没有“这不公正”的低吼，也鲜有追随丈夫走向风雪弥漫的西伯利亚的女性。因而，那些在“文革”浩劫中，和丈夫一起选择了自杀的女性将永远值得我们尊敬。我始终相信为了做人的最基本的尊严，选择绝路未尝不是对自身生命价值的肯定。
王实味，在中国知识分子的命运史上不是一个孤零零的特例，他是一个见证，他的死也不是康生批准的还是李克农批准的这么简单。在他的身后，“共和国”的天空下，遇罗克、张志新、林昭、李九莲、王申酉……仍然没有逃脱和王实味相同的结局，因为思想而被处决。这个世界上只要有一个人的生命可以被随意剥夺，只要有一个人的自由与权利没有保障，那么对所有的人而言，他们的生命、权利和自由同样将受到威胁。王实味只是一个投奔革命的普通知识分子，但他死后20年“共和国”的元勋功臣（如贺龙、彭德怀）也惨死在自己参与缔造的这个共和国，甚至共和国的主席、执政党的第二号人物，以国家元首之尊也未能免于一死。这些人在王实味问题上立场可怕是一致的（比如贺龙），他们支持或默认了王实味的死，也就等于为自己掘好了墓。一个王实味的死，人命如草，当时除了领袖几次发脾气“赔我一个王实味”之外，我们没有听到任何声音。历史留下来的只有萧军一个人在一边倒的批判声中那声怒吼——“让他说话”。萧军与王实味素不相识、从无来往，在那耻辱的一页中，他的出现像是一个异类，这个独一无二的声音60多年后依然令我们感动。如果没有这唯一的一声怒吼，如果没有温济泽等人为王实味冤案的平反所付出的努力，我们这个民族的知识分子将会更加无地自容，杀死一个王实味，意味着所有人的命同样都是可以被草菅的，只要你不低头，要只你还保持独立思考，那怕你怎么忠诚于这个主义也不行。
《野百合花》发表后，毛泽东的秘书胡乔木曾两次和王实味谈话，还两次给他写信，指出《野百合花》的错误。对这一明显来自最高层的批评意见，他竟置之不理，悲剧的发生因此也就在所难免了。其实，王实味当时只要低头认罪，学学丁玲、艾青他们，把自己作践、糟蹋一番，也许就能逃过这一劫难了。王实味就是王实味，他不仅不认错，还提出退党，这样他被开除党籍、逮捕，最后被秘密处死的结局也就注定了。这就是他和其他延安知识分子的区别。
1946年春，社会部部长康生、副部长李克农批准处死王实味。没有起诉、没有审判、没有上诉和裁定，也不需要这一切，在严酷的战争环境下，王实味这个被他所热爱的革命党所抛弃的人面临的只能是“秘密处死”的下场。其实，就算在和平年代，有了逮捕、起诉、审判、裁定等法律程序又能怎么样呢？“党的优秀儿女”张志新烈士不是死之前连可以喊“共产党万岁”的喉管也被扼断了吗？伟大领袖高瞻远瞩，总是希望留下一些反面教材（比如胡风、梁漱溟）。但人头落地，人死不能复生，他再发脾气，要赔他一个王实味也来不及了。1948年9月1日，他在李克农就王实味问题所作的检讨报告的批示中写道：“有所声明即够，不必议处。”
王实味作为外语极好的高级知识分子，翻译过马克思、恩格斯、列宁的著作，抗战期间到了延安，在中央研究院工作。他因为写了一组《野百合花》在中央机关报《解放日报》上发表，批评了一些在延安他看不惯的现象，一下子弄得满城风雨，成了整风运动中的反面典型。后来，康生看到王实味和几个人经常在一起吃饭，便把他们定成“反党五人集团”，下令将他逮捕。1947年中央机关人员撤离途中，王在山西兴县被秘密处决。当时处死王实味的晋绥地区归贺龙管辖，所以有人认定是贺龙下的命令。
但王实味到底是谁下令杀害的，一直是个谜。
档案中的王实味死因：到底是康生李克农杀的，还是贺龙杀的？
1962年1月30日，毛泽东在扩大的中央工作会议（七千人大会）上说：“还有个王实味，是个暗藏的国民党探子。在延安的时候，他写过一篇文章，题名《野百合花》，攻击革命，诬蔑共产党，后头把他抓起来，杀掉了。那是保安机关在行军中间，自己杀的，不是中央的决定。对于这件事，我们总是提出批评，认为不应当杀。他当特务，写文章骂我们，又死不肯改，就把他放在那里吧，让他劳动去吧，杀了不好。”
这段话载于《毛泽东文集》（人民出版社1999年版）第八卷第309页。文集中关于王实味的注释是这样写的：
王实味……因发表《野百合花》等文章，一九四二年在整风中受到批判，同年十月被开除党籍，年底被关押。一九四六年被定为“反革命托派奸细分子”。一九四七年七月，在战争环境中被处决。据查，关于他是暗藏的国民党探子、特务一事，不能成立。关于反革命托派奸细问题，一九九一年二月七日，公安部《关于对王实味同志托派问题的复查决定》中说，“在复查中没有查出王实味同志参加托派组织的材料。因此，一九四六年定为‘反革命托派奸细分子’的结论予以纠正，王在战争环境中被错误处决给予平反昭雪。”
王实味的冤案已经平反了，但他是不是“保安机关在行军中间，自己杀的”，这一事实至今尚未澄清。20世纪80年代初，有一天，我与老战友、时任解放军军事法院院长的刘继光同志交谈时，记不清怎么谈到了王实味的问题。刘继光说，他去山西省临汾行署公安处外调时，无意中发现那里存有康生批准处死王实味的档案材料，因为他不是去调查这个问题的，所以没有细看。1988年夏天，我在解放军总政治部工作时，兼任《中国大百科全书》军事卷解放军人物分支学科的副主编，负责199位解放军高级将领条目的编审工作。其中贺龙的条目是总参谋部《贺龙传》编写组的同志执笔写的。有一天，总参政治部宣传部副部长、《贺龙传》编写组组长刘雁声同志，在我办公室交谈时，他说，王实味都说是康生批准处死的，但是有人又说是贺龙批准的，因为当时是在晋绥军区的地盘内，而贺龙是军区司令员，他想查清这件事。我马上想起刘继光给我谈的情况，建议他去山西省临汾行署公安处查一查。他很快就去了，果然查到了有关处死王实味的三份原始档案材料，并经临汾行署公安处同意复印下来。回京后，他复印了一份给我，当时我在复印件上注明：“1988.8.22上午，贺龙传记组刘雁声同志送来”。
这三份文件，一份是晋绥公安总局局长陈养山，用毛笔写给中共中央社会部部长康生和副部长李克农的信。全信共分三段。初稿写的日期是（1947年）6月13号，第三段内容原来是：“我处审讯科昨日被蒋机轰炸，快要搬家，对王实味究如何处理，望速来信示知！”这是事前的请示，可能没有发出，以后把第三段内容改为事后报告，日期也改为1947年7月2日，最后定稿的全文是：
康、李部长：
反革命托派奸细份子王实味由延安至晋绥行军途中进行挑剔离间等破坏活动，四月十六日，送来我处关押后，不仅毫无悔意，且更变本加厉，污蔑谩骂我党，刚来即说他不是托派，是好共产党员，冤枉了好几年，快拖垮了，又说他向记者说话承认他是托派奸细是自我牺牲，是被迫的，使他神经受了刺激，身体也垮了，因此提出要特别优待他，每天要吃鸡子白面。
后又说他本来没问题，只是在行军中发了一下脾气，便将他扣起来，说共产党不讲民主，不保障人权，言行不一致。
我处审讯科昨日被蒋机轰炸，急于搬家，根据王实味的罪恶及表现，实属无法改造，故请示处决批准后，我们于昨夜在兴县将王犯密秘处死，特此报告！
致
布礼
陈养山
